经过一段时间的尝试，舟山北光光电技术研究院在探索党建、科研以及院办事务统筹或协同上多有建树。研究院院务会决定在不久未来，将推行党委领导下的理事长（院长）责任制，试错一段时间后，适时修改研究院章程，并在此基础上，实施第二次变革，推行轮值理事长/院长制，辅以技术委员会制，在管理受控的基础上，最大限度搞活科研。
1. 党组织（集体领导）
把方向、管大局、作决策、促改革、保落实：
- 贯彻落实科技方针、国家/地方战略需求、公益性定位
- 「三重一大」：发展规划、机构改革、重大项目、大额经费、成果转化收益分配原则
- 党管干部、党管人才：班子成员、内设机构负责人、学术带头人政治把关与选拔任用主导
- 意识形态、科研诚信、科技伦理、作风建设、全面从严治党
- 党委会议集体决策，民主集中制
2. 理事长/院长（在党委领导下执行）
全面负责科研业务与行政运行：
- 科研方向布局、课题组织、平台建设、实验室运行
- 日常行政、财务执行、人事聘用执行、设备采购、成果转化落地
- 把党委决定变成实施方案，向党委报告执行情况
3. 研究院特定特殊事件
- 学术委员会/技术委员会：科研评价、立项、职称、成果鉴定，党委不替代学术判断
- 理事会（新型研发机构）：若并存，需理顺「党委会前置把关」与「理事会重大决策」的边界，修改章程
- 职代会/职工大会：涉及职工切身利益事项民主参与
- 科技伦理委员会、科研诚信委员会：党委集体领导下的专项把关